Film w reżyserii Krzysztofa Gradowskiego składa się z dwóch części: „Przygoda księcia Mateusza” oraz „Tajemnica golarza Filipa”. Jest to opowieść o przygodach dziesięcioletniego Adasia Niezgódki, który trafia do tajemniczej Akademii Ambrożego Kleksa. Uczą się w niej chłopcy, których imię zaczyna się na literę „A”, a sama szkoła prowadzona jest w sposób nietypowy i odbiegający od nauki w zwyczajnej szkole.
Początkowe sceny oraz znaną piosenkę „Na wyspach Bergamutach” nagrywano na dwóch łódzkich podwórkach przy ul. Piotrkowskiej. Pod numerem 26. do dziś zachowały się komórki z drewnianymi schodami, gdzie na początku filmu Adaś rozmawia ze szpakiem Mateuszem. Po chwili chłopiec przechodzi przez podwórze pod numerem 38.
Oba podwórka maja niebawem zostać odnowione i zagospodarowane - nr 38. zostanie połączony z 34. Ma do nich prowadzić dodatkowe wejście od strony ul. Jaracza. W planach są także multimedialne ekrany przypominające sceny z filmu. Docelowo łódzkie plenery filmowe z „Akademii Pana Kleksa” mają dołączyć do powstającego szlaku artystycznych podwórek.
Najważniejszym plenerem filmu był oczywiście pałac w Nieborowie. Budynek wraz z otaczającym go ogrodem przeobraził się w filmową akademię. Ta widoczna była jednak tylko z zewnątrz – wnętrza zbudowano w halach zdjęciowych Łódzkiej Wytwórni Filmów Fabularnych.
Gwiazdorska obsada
Ciekawostką jest, że pierwotnie rolę Ambrożego Kleksa miał zagrać Jan Kobuszewski. Ale kim by był Pan Kleks, bez charakterystycznego głosu Piotra Fronczewskiego. Aktor wspominał po latach ile wysiłku kosztowała go niełatwa charakteryzacja, zwłaszcza doklejana broda w czasie dużych upałów.
W „Akademii Pana Kleksa” wzięła udział czołówka polskich aktorów. Poza Piotrem Fronczewskim m.in. Wiesław Michnikowski i Leon Niemczyk. W zbiorach Muzeum Kinematografii w Łodzi do dziś znajdują się kostiumy i rekwizyty wykorzystane przy produkcji - np. frak i broda Pana Kleksa, strój dr Paj-Chi-Wo oraz pierwsze plakaty autorstwa Jakuba Erola.