W listopadzie 1898 r. podjął pracę w Gazowni Miejskiej jako biuralista, a dwa lata później w łódzkich tramwajach jako buchalter w Zarządzie Spółki KEŁ. W 1917 r., po śmierci pierwszego dyrektora KEŁ – inż. Józefa Witkowskiego, został powołany na stanowisko kolejnego szefa KEŁ, które piastował do śmierci w 1932 r. Pełnił tę funkcję w trudnym dla łódzkiej komunikacji miejskiej okresie. Wspólnie z akcjonariuszami, którzy zostali zmuszeni do podpisania nowej umowy koncesyjnej z miastem w czerwcu 1923 r., Werner był odpowiedzialny za program rozbudowy sieci tramwajowej w Łodzi i zdołał wyprowadzić przedsiębiorstwo na prostą. W 1931 r. z jego inicjatywy powstała również Kasa Zaliczkowa dla Urzędników KEŁ SA w Łodzi.
- ZOBACZ TAKŻE: Letniska i kąpieliska dawnej Łodzi. Tu kiedyś wypoczywali łodzianie [ARCHIWALNE ZDJĘCIA]
Pracując wcześniej w KEŁ, wszedł w 1903 r. w spółkę z Francuzem – Leopoldem Stephanem, z którym założył Przędzalnię Szewiotu i Fabrykę Towarów Trykotowych przy ul. Wierzbowej 44. Po II wojnie światowej przedsiębiorstwo zostało przejęte przez Skarb Państwa.
Herman Werner zmarł niespodziewanie na udar serca, późnym wieczorem 21 października 1932 r. w trakcie wizyty u znajomych. Jego pogrzeb na Starym Cmentarzu w Łodzi w części ewangelickiej zgromadził tłumy łodzian i brać tramwajarską, którzy doceniali jego zarząd nad łódzką komunikacją miejską.
