Noc wybuchu powstania styczniowego – z 22 na 23 stycznia 1863 r. – upłynęła w Łodzi spokojnie. Ks. Czajkowski pozostawił posługę kapłańską i udał się do lasu radogoskiego, gdzie uformował się 400-osobowy oddział. Sformowano kompanię strzelców i kosynierów, złożono przysięgę, odczytano manifest rządu tymczasowego oraz dekret o uwłaszczeniu chłopów. Ksiądz wręczył zebranym sztandar z orłem i pogonią, a o północy przemaszerował z oddziałem do Łodzi.
Mieszkańcy miasta wyszli na ulice, entuzjastycznie witając grupy powstańcze. Stamtąd powstańcy przeszli do siedziby Towarzystwa Strzeleckiego, gdzie zarekwirowali 72 strzelby, w Wólce zakupili żywność, po czym zabrali z filii Banku Polskiego 18,7 tys. rubli. Oddziały miały dołączyć do partii powstańczej J. Oxińskiego, ale zostały rozbite.
Czajkowskiemu udało się dołączyć do innego oddziału, w którym został kapelanem. Wziął udział w bitwie pod Wolą Cyrusową i Dalikowem. Po klęsce powstania ukrywał się do wiosny 1864 r., a potem wyemigrował do Paryża, by ostatecznie zamieszkać w Antwerpii, gdzie zmarł w lutym 1907 r.
