Niedługo potem przystąpiono do budowy drewnianej świątyni i klasztoru. Kościół poświęcono 29 sierpnia 1683 r. Pierwotną kaplicę przeniesiono w miejsce nad stawem, gdzie w odległości ok. 800 m od kościoła znajduje się do dziś na terenie Lasu Łagiewnickiego.
Ponieważ rozwinął się tu żywy kult św. Antoniego, a Łagiewniki stawały się celem pielgrzymek, postanowiono wznieść kościół murowany. W 1701 r. położono kamień węgielny, a budowę zakończono w 1723 r. 16 maja 1726 r. arcybiskup gnieźnieński i prymas Teodor Potocki konsekrował kościół św. Antoniego Cudotwórcy. Drewno z dotychczasowego kościoła wykorzystano do zbudowania w okolicy kilku kaplic: Przemienienia Pańskiego, Matki Boskiej Anielskiej, św. Walentego i św. Rocha. W latach 1733–1748 z ofiar pielgrzymów wzniesiono stojący do dziś murowany klasztor.
Oskar Flatt pisał w 1853 r., że Łagiewniki są niczym „polskie Loreto”, do którego z całej Europy tłumnie ściągają pielgrzymi za sprawą cudów św. Antoniego Padewskiego oraz miejsca spoczynku bł. o. Rafała Chylińskiego. Łagiewnickie artefakty to obecnie najstarsze zabytki na terenie Łodzi.
