Karierę trenerską nowy szkoleniowiec ŁKS Łódź rozpoczął w sezonie 2006/2007 w Wigrach Suwałki, potem pracował m.in. w roli asystenta Pawła Janasa w Widzewie Łódź, podobną funkcję pełniąc także przez dłuższy czas również w Polonii Warszawa. Ważnym momentem w karierze trenerskiej Piotra Stokowca okazał się sezon 2012/2013, gdy tym razem już jako pierwszy trener „Czarnych Koszul”, pomimo problemów organizacyjnych nękających w tamtym okresie warszawski klub, zajął z nim wysokie 6. miejsce w tabeli polskiej ekstraklasy.
W kolejnych latach prowadził, nierzadko z dużym powodzeniem, Jagiellonię Białystok, Zagłębie Lubin i Lechię Gdańsk. Z „Miedziowymi” najpierw awansował do ekstraklasy, a następnie już w elicie zdobył medal mistrzostw Polski (3. miejsce w tabeli), dzięki czemu Zagłębie zakwalifikowało się do europejskich pucharów, eliminując w tych rozgrywkach m.in. Partizana Belgrad. Z kolei z Lechią Gdańsk w 2019 roku nie tylko zajął miejsce na podium, ale i zdobył Puchar Polski oraz Superpuchar Polski. Z resztą, w finale Pucharu Polski prowadzona przez niego ekipa z Trójmiasta zagrała także rok później. Ostatnio, tj. w sezonie 2022/2023 pracował ponownie w Zagłębiu Lubin.
Przyszłość w ŁKS Łódź
Teraz Piotr Stokowiec rozpoczął pracę w Łódzkim Klubie Sportowym. W pierwszych zajęciach pod wodzą nowego szkoleniowca piłkarze wezmą udział w czwartkowy wieczór, z kolei jego debiut na ławce trenerskiej ŁKS Łódź przypadnie na wyjazdowe starcie łodzian w PKO BP Ekstraklasie z Lechem Poznań (21 października).
