Urodził się 24 czerwca 1914 r. w Łodzi jako Jan Kozielewski („Karski” to jego konspiracyjny pseudonim). Uczęszczał do Gimnazjum Męskiego w Łodzi, studiował prawo i dyplomację we Lwowie. Podczas kampanii wrześniowej znalazł się w niewoli sowieckiej, a potem niemieckiej. Po ucieczce nawiązał kontakt z ZWZ i rozpoczął działalność konspiracyjną. W grudniu 1939 r. powierzono mu pierwszą misję dyplomatyczną we Francji. W 1942 r. na zlecenie Komendy Głównej AK zebrał dowody eksterminacji Żydów w getcie warszawskim oraz w obozie w Izbicy, i z tymi informacjami wyjechał do Londynu. W czerwcu 1943 r. został wysłany na najważniejsze spotkanie z prezydentem USA – Franklinem D. Rooseveltem, któremu przekazał informacje o skali Holocaustu. Jednak świat nie chciał wtedy wierzyć…
Po wojnie pracował przez długie lata jako wykładowca na Georgetown University. W 1982 r. otrzymał tytuł Sprawiedliwy wśród Narodów Świata. W Polsce został odznaczony Orderem Virtuti Militari oraz Orderem Orła Białego, a 15 maja 2000 r. nadano mu tytuł Honorowego Obywatela Miasta Łodzi. Zmarł dwa miesiące później i spoczął na cmentarzu w Waszyngtonie u boku swojej żony, Poli Nireńskiej. Rodzinnemu miastu przekazał swój gabinet oraz liczne pamiątki, które można obejrzeć w Muzeum Miasta Łodzi. W parku Ocalałych stanęła w 2009 r. Ławka Jana Karskiego.