Maturę zdał w Warszawie w 1928 r., ukończył studia na Wydziale Mechanicznym Politechniki Warszawskiej. W okresie międzywojennym był konstruktorem podwozi do ciężarówek PZInż 703 i 713, jak również do nowatorskiego auta osobowego LS (Lux-Sport), zaprojektował pierwsze polskie sprzęgło hydrokinetyczne oraz stworzył szkołę naukową w zakresie mechaniki pojazdów samochodowych. Po wojnie został oddelegowany do Łodzi, gdzie zajmował się organizacją transportu samochodowego dla zaopatrzenia miasta oraz rozwojem założonej tu Politechniki Łódzkiej. Równolegle współtworzył nowy polski samochód ciężarowy Star 20 i niewprowadzonego do produkcji Walentyna.
Na Politechnice Łódzkiej był kierownikiem Katedry Budowy Samochodów i Ciągników, dyrektorem Instytutu Pojazdów, dziekanem Wydziału Mechanicznego, a w latach 1962–68 rektorem PŁ. Pełnił funkcję przewodniczącego Rady Naukowej Przemysłowego Instytutu Motoryzacji. Ma w swoim dorobku szereg publikacji naukowych oraz autorstwo pięciu podręczników dla branży samochodowej.
Jak Łódź upamiętniła profesora?
Zmarł w Łodzi 8 października 1977 r. W 1984 r. jego imieniem nazwano jedną z ulic na Teofilowie. Od 1 września 2023 r. imię prof. Jerzego Wernera nosi Zespół Szkół Samochodowych w Łodzi przy ul. Wojciecha Kilara 3/5 (dawniej ul. Prożka). Jego wnuczką jest pochodząca z Łodzi popularna prezenterka telewizyjna, Anita Werner.
